O time sub-20 do São O Tricolor obteve a classificação na liderança isolada do grupo 05, com 34 pontos em 14 jogos, dois pontos à frente do segundo colocado, São Caetano. Nesta segunda fase, o São Paulo pertence ao grupo 06 e disputa vaga para a etapa seguinte com São Bernardo, Corinthians e Mirassol. O sistema de disputa continua o mesmo: as equipes se enfrentam, dentro dos grupos, em turno e returno, classificando-se para as quartas de final os dois times com o maior número de pontos ganhos dentro de cada um dos 4 grupos que disputam esta fase.