Os torcedores do Tricolor terão mais uma oportunidade para acompanhar a equipe na temporada 2016. Será na disputa da Copa Paulista, que começa a ser jogada em julho e terá em campo a equipe Sub-20 são-paulina.
O São Paulo volta a jogar o torneio estadual depois de 11 anos. O clube disputou a competição entre 2003 e 2005 – nesses anos, quem entrou em campo foi uma equipe B, com jogadores acima de 20 anos, mas que não integravam o profissional. Defenderam a camisa do Tricolor na competição jogadores que futuramente tiveram passagem importante no clube, como Hernanes, Jean, Edcarlos e Diego Tardelli.
E com o Sub-20 disputando essa competição, o time Sub-19 vai assumir os compromissos no Paulista da categoria. Haverá ainda jogos pela Copa do Brasil e Brasileirão júnior, que devem ser divididos entre os dois times.
Na Copa Paulista, a tabela são-paulina começa com um jogo fora de casa. O time vai enfrentar o Ituano em 03 de julho. Na rodada seguinte, dia 10, a equipe recebe o Red Bull. Os local dos mandos são-paulinos ainda não foi definido pela diretoria do Tricolor, e as datas e horários ainda podem mudar.
A Copa Paulista vai reunir 28 clubes, que estão divididos em quatro grupos. Os quatro melhores de cada chave seguem para uma segunda fase, novamente de grupos, e os dois melhores de cada grupo seguem para as quartas de final. O torneio dá vagas na Série D do Campeonato Brasileiro e na Copa do Brasil de 2017.
| Rodada | Data | Horário | Adversário | Local |
| 1 | 03.07 | 16h | Ituano | Itu |
| 2 | 10.07 | 16h | Red Bull | A definir |
| 3 | 24.07 | 16h | Paulista | Jundiaí |
| 4 | 27.07 | 20h | Bragantino | A definir |
| 5 | 31.07 | 16h | XV de Piracicaba | A definir |
| 6 | 07.08 | 15h | Juventus | São Paulo |
| 7 | 14.08 | 16h | Ituano | A definir |
| 8 | 21.08 | 16h | Red Bull | Campinas |
| 9 | 04.09 | 16h | Paulista | A definir |
| 10 | 07.09 | 20h | Bragantino | Bragança Paulista |
| 11 | 11.09 | 16h | XV de Piracicaba | Piracicaba |
| 12 | 18.09 | 10h | Juventus | A definitir |