William começou a carreira em São Paulo: atuou nas categorias de base de Juventus e Corinthians antes de chegar ao Palmeiras, onde concluiu o seu processo de formação e estreou profissionalmente.
O atleta acumulou empréstimos por Ipatinga, Náutico e Vitória – foi campeão baiano -, e retornou ao Palmeiras em 2010. Na sequência, seguiu para Goiás e Atlético-GO antes de voltar ao Náutico, em 2011.
Em 2012, William atuou no Joinville e foi campeão da Copa Santa Catarina, que rendeu a primeira oportunidade de jogar fora do Brasil: no Busan IPark, da Coreia do Sul, em 2013.
Então, após a passagem pela Ásia, o meio-campista desembarcou no México para reforçar o Querétaro. Foi companheiro do goleiro Tiago Volpi e fizeram parte de uma geração que mudou o patamar dos Gallos Blancos.
As atuações despertaram o interesse do tradicional América, que contratou o jogador em 2015. Na cidade do México, William conquistou a Liga dos Campeões CONCACAF, em 2016, e foi terceiro colocado no Mundial de Clubes da FIFA daquele ano, no Japão.
Nas últimas temporadas, de 2018 até chegar ao Tricolor, o jogador defendeu o Toluca.
