Juan chegou ao Tricolor em 2018 após iniciar a carreira na União Barbarense. Os primeiros passos foram no interior paulista e já mostravam que o atacante tinha vocação para balançar as redes.
Aos 16 anos, o centroavante vestiu a camisa do São Paulo e começou a trajetória no CFA Laudo Natel, em Cotia, que resultou nas conquistas do Campeonato Paulista Sub-17 (2019) e da FAM Cup Sub-17 (2019).
Em 2019, o jogador foi convocado para defender a Seleção Brasileira Sub-17, no Peru, e disputou o Campeonato Sul-Americano da categoria.
No mesmo ano, surgiu a primeira oportunidade de atuar no time principal: estreou no profissional na vitória sobre o CSA-AL por 2 a 1, em Maceió, pelo Brasileirão.
Após retornar para as categorias de base e complementar a sua formação, Juan retornou o CT da Barra Funda em 2021 para integrar definitivamente o elenco.