Gonzalo Carneiro iniciou a sua trajetória no Defensor Sporting e rapidamente assumiu o protagonismo na equipe uruguaia. Um dos principais destaques do time, o jogador chegou ao Tricolor após boa temporada em 2017, quando balançou as redes 13 vezes e foi um dos artilheiros da fase 'Intermédio' do Campeonato Uruguaio.
Em 2018, o atacante foi decisivo durante a campanha do Defensor, que foi campeão do Torneio Apertura e disputou a decisão do Campeonato Uruguaio com o Peñarol.
As grandes exibições renderam ao centroavante a camisa 10 do clube de Montevidéu e despertaram o interesse do São Paulo, que conta desde 2018 com uma das gratas revelações do futebol uruguaio.