Natural da pequena Lauro Müller, em Santa Catarina, Eder iniciou sua carreira no Criciúma. Ficou dos 14 aos 18 anos no clube e, a partir daí, construiu a maior parte de sua trajetória na Itália.
O atleta defendeu Empoli, Frosinone, Brescia e Cesena antes de chegar à Sampdoria, em 2012. Lá, fez cinco temporadas de destaque e chamou a atenção não só da Inter de Milão, que o contratou no começo de 2016, mas também da seleção italiana – ele também chegou a ser chamado para a Seleção Brasileira sub-20.
Dono de dupla nacionalidade, Eder recebeu sua primeira convocação para defender a Itália em 2015 e foi titular na Euro de 2016 sob o comando de Antonio Conte. Marcou um gol na campanha que terminou com queda nas quartas de final diante da Alemanha.
Contratado pelo Jiangsu Suning em 2018, foi campeão nacional em 2020 ao lado de Miranda.
Em 2021, o atacante chegou ao São Paulo e conquistou o Campeonato Paulista.